La Sentència Arbitral de Guadalupe de 1486 posà les bases per a un redreçament del camp català després de tants anys de conflictes. Aquest sector més benestant de la pagesia, els «pagesos grassos», consitituí el nucli dirigent de la parròquia de Sant Martí d'Arenys pràcticament fins al segle XIX. Els seus noms figuren al fogatjament de 1496: Arquer, Catà, Oliver, Vallalta, Alzina, Colomer, Rossell, Bellsolell, Pascual, Borrell, Croanyes, Aiguaviva, Llurià, Tries, Gibert, Fornaguera...
Algunes de les seves masies (Can Pibernat, Can Bellsolell, Can Pasqual i Ca n'Amar), per tal de fer front al perill turc, sempre present a les nostres contrades, i per garantir-se una certa seguretat en un camp sacsejat pel creixent bandolerisme, optaren per fer-se construir torres de defensa. Les torres eren, en general, de planta quadrada i sovint concordaven poc amb la resta de l'edifici. La pagesia benestant de Sant Martí, juntament amb els comerciants i mariners de la barriada de ribera, no només es decidiren a endreçar les seves cases, sinó que, tan bon punt encetat el segle XVI, es plantejaren un ambiciós projecte: la construcció d'una nova església.
El 1514 començaren les obres del nou campanar. L'11 d'agost de 1531 s'atorgà el contracte de construcció d'una nova església entre els obrers de Sant Martí d'Arenys i el mestre de cases Pau Mateu, un dels més pretigiosos constructors d'aquells moments. Poc després es començà a comprar grans quantitats de pedra i calç, es construí un pou per abastir d'aigua l'obra i s'acordà el trencament de pedra a les pedreres de Can Bellsolell i de Can Borrell. El poble s'omplí de treballadors occitans, «súbdits del rei de França», que es dedicaren, bàsicament, a les feines de manobre, a transportar pedra de les pedreres i com a serradors per fornir de fusta la nova obra.
Per tal d'ennoblir la nova església, els obrers i prohoms de Sant Martí d'Arenys contractaren els qui en aquell començament del cinc-cents eren sens dubte els artistes més preuats que treballaven al Principat: Pere Serafí, pintor i poeta, l'imaginaire Joan de Tours, el picapedrer Jaume Safont i el pintor i vitraller Jaume Fontanet.
El 1539 es començà a cobrir la volta de la nau central. Per alleugerir el pes de la volta, es reomplí amb gerres de Mallorca portades aquell mateix any. Fou també el 1539 que, a causa de la defunció de Pau Mateu, es féu càrrec de l'obra el seu germà Antoni Mateu. El 1542, Joan de Tours lliurà l'espectacular retaule renaixentista de l'altar major. L'estiu d'aquell mateix any es col·locaren els acolorits vitralls, obra de Jaume Fontanet.
El nou temple, pràcticament enllestit des de 1543 i on se celebraven els oficis litúrgics habituals, fou solemnement consagrat pel bisbe de Girona, Joan de Margarit, el 13 de setembre de 1544.
La construcció del nou temple parroquial s'havia fet seguint els canons del gòtic tardà, tal com es féu a la majoria d'esglésies que es construïren a les nostres contrades a la primera meitat del segle XVI. L'edifici de Sant Martí, però, també incorporà notables i meritoris elements d'estil renaixentista. La nova església, a més de suposar la culminació de tot un procés d'expansió econòmica i social encetat a finals del segle XV, comportà la creació del poble modern tal com el coneixem avui. L'església revaloritzà la Riera com a columna vertebral de la població, com a via central que ben aviat experimentaria un procés ininterromput d'urbanització.
El poble seguia creixent en tots els àmbits. El fogatge de 1553 ens mostra com el nombre de focs havia anat augmentant entre els pagesos i, sobretot, al barri de ribera, amb l'increment de les activitats marineres, comercials i de construcció d'embarcacions. De les 121 cases que apareixen al fogatge, 53 pertanyen al barri mariner.
Aquesta puixança de la gent de mar, que s'havia manifestat durant tota l'etapa de construcció de la nova església amb l'aportació d'ingents recursos, culminà el dia 11 de juliol de 1574. Aquell dia, els caps de casa del barri de ribera es reuniren a la Fortalesa i es constituïren en Consell General de la Universitat. El mes de març de 1575, l'església de Santa Maria d'Arenys era declarada sufragània de la de Sant Martí d'Arenys, amb el mateix rector. La separació civil plena arribà el 1599 amb l'estructuració dels consells dels d'amunt i els d'avall, i amb la sentència que definia i separava escrupulosament els dos termes municipals. La separació eclesiàstica definitiva, amb un rector diferent per a cada parròquia, no fou autoritzada fins el 1781.
L'any 1599, per privilegi del senyor d'aquests territoris, Gastó de Montcada, Marquès d'Aitona i Vescomte de Cabrera i Bas, es dotà Sant Martí d'Arenys d'un nou organisme municipal, el Consell, amb unes funcions ben determinades, que regiria la vida local fins al 1714. El privilegi del Marquès d'Aitona atorgà a la població de Sant Martí d'Arenys la facultat de poder elegir i reunir Consell i clavari. El Consell estava format per 3 jurats (jurat en cap, jurat segon i jurat terç) i 9 consellers. El Consell General ampliava el nombre de consellers a 30 persones. La renovació del Consell s'efectuava anualment el dia 3 de maig, dia de la Santa Creu.